Si quieres utilizar un fondo transparente, puedes hacerlo. Pero los archivos con transparencias deben guardarse en formato PNG. Solo asegúrate de previsualizar el diseño en CMYK y entiende que los productos impresos no se van a ver tan brillantes o contrastados como se ven en tu monitor.
Si no tienes muy claro cómo crear un fondo transparente, échale un vistazo a este artículo del blog para aprender.